化肥和農(nóng)藥的大量應(yīng)用對于人類而言利弊并存，為興利除弊，科學(xué)家提出了“生態(tài)農(nóng)業(yè)”，逐步實(shí)現(xiàn)在農(nóng)田里少使用或不使用化肥和化學(xué)殺蟲劑，而使用有機(jī)生物肥料和采用微生物方法防病蟲害。生物肥料在中國生產(chǎn)，經(jīng)歷了幾起幾落的發(fā)展過程，但從總體速度來看是較慢的。20世紀(jì)50年大力推廣應(yīng)用大豆、綠肥根際固氮菌。當(dāng)時(shí)全國各地差不多每個(gè)縣都有菌肥廠。
施肥量日益增長，土壤結(jié)構(gòu)中有機(jī)質(zhì)比重下降，保水、供肥、通透能力和性能變差，板結(jié)嚴(yán)重，造成水土流失，生態(tài)失調(diào)。我國耕地墾殖年久遠(yuǎn)，加上長期只重用地不顧養(yǎng)地，造成耕地養(yǎng)分失調(diào)，地力下降，雖然耕地產(chǎn)出量大幅度提高，但負(fù)荷過重，耕地養(yǎng)分投入與產(chǎn)出嚴(yán)重失衡。目前，除少數(shù)地區(qū)外，全國絕大多數(shù)耕地土壤肥力不高，土壤有機(jī)質(zhì)平均為1.8％左右，旱地僅為1％左右，而歐美等國的耕地土壤有機(jī)質(zhì)一般在5％—8％。而且我國很少種植有養(yǎng)地作用的多年生牧草，近年來綠肥的面積也下降很多，加之，有機(jī)肥（如：牛、馬、豬、雞等糞便發(fā)酵）的施用量也逐年遞減。
菌種退化也是企業(yè)在生產(chǎn)中經(jīng)常遇到的難題，一方面是菌種供應(yīng)方的問題，它希望企業(yè)長期購買它的菌種，因此在技術(shù)上進(jìn)行了處理，另一方面是企業(yè)購買原種后進(jìn)行了多次的轉(zhuǎn)接傳，但又沒有提純復(fù)壯的技術(shù)。解決的方法是提純復(fù)壯和更換菌種。發(fā)酵設(shè)備不完善，也是微生物接種劑不合格的主要原因，微生物在無雜菌條件下發(fā)酵是接種劑生產(chǎn)的必備條件。